1.建所初期(1958年—1962年)
1958年9月在原北京市果树指导站的基础上，于香山万安公墓西山造林所处创建北京市农科院果树研究所，之后所址搬迁到市农林局瑞王坟苗圃，又迁到昌平县南郝庄苗圃。1962年6月随北京市农科院撤销而撤销,大部分科技人员合并在西山造林所，随后又补充了几名科技干部，创建郊区造林所林果研究组。
这一阶段主要工作是建立试验园、果树品种园。召开桃、葡萄丰产经验总结、葡萄多次结果、桃新品种选育、保护幼年果树安全越冬等试验。
2.重建和合并阶段(1963年一1969年)
1962年底在西山造林所西院重新建立林业研究所，下设林业、果树、养蜂、养蚕四个研究室和一个办公室，隶属市农林局领导。初步建成了实验室和图书资料室，之后为方便果树科研，果树研究室搬到试验场办公。1964年林业所与西山试验林场合并。
1966年“文革”开始，仪器设备一扫而光，新建的资料和科技档案材料全部散失。桃的杂交育种工作，在科技人员坚持下，避免了被毁的灾难。
1963-1969年期间，科研工作逐步取得“保护幼年果树安全越冬”、“大小蜂螨生物学特性和防治”、“核桃嫁接”、“电取蜂毒”等成果。
3.逐步恢复阶段(1970年—1982年)
文革后期，林业室恢复，但是科研工作仍处在动荡之中。l975年林业室恢复为林业所，所下设林业、干果、鲜果、养蜂四个研究室。1976年西山林场瑞王坟苗圃划归该所作试验基地，改名为林业研究所试验场。1978年，科技大会后，管理工作走上正轨。林研所正式改名为果树林业研究所，下设林业、干果、鲜果、组培三个研究室一个组。1982年果树林业研究所正式改名为林业果树研究所。
这一阶段科研工作已步入正轨，板栗、核桃、苹果、桧柏、刺槐选优工作取得了很大成绩和成果。桃新品种、板栗、核桃、杏嫁接、梨树密植栽培等示范样板纷纷在郊区建立，这些为郊区果树生产水平的提高奠定了基础。
4.改革阶段(1983年—1994年)
1983年林果所进行科研责任制试点。由市政府四个委办联合下达的“干鲜果良种、丰产栽培一条龙”重大开发项目批准。与此同时市计委还批准新建3600平方米的实验楼。所与院正式签订了技术合同，成为一院两制的试点单位。每年核减事业费20％，五年自给。
市科委召开了北京市科研院所“改革与开展”的评比活动，我所被评为“一等奖”。1988年到1990年，我所实行“三保一挂”科技经营承包责任制，重点放在目标管理。1992年为加强山区建设，当年创建了山区组。1993年组建北方林果开发公司和延庆旅游观光研究所。1994年原山区组随观光开发所一同划入土肥所，创建山区研究室。
5.新开展阶段（1995年—至今）
1995年我所争取到市科委支持的“果品苗木中试基地项目”。
1996年-2000年我所在科研方面理清思路，形成以核果类资源、育种、生物技术为主线，以浆果、干果、林业绿化苗木选育为辅线的研究特色。北方果林科技开发公司转制为所内部分职工参股的股份公司。组建“北京高科合力核桃技术开发有限责任公司”，加速了核桃课题研究和产业化进程。
2001年至今，全所继续深化改革，将京林公司改制成全所职工参股的京林创新园艺科技有限公司。“北方果林科技开发有限公司”正式改制为有限公司。全所在科研、技术推广、科技产业、基础设施建设、人才引进与培养等多方面均取得了巨大成绩。
此阶段是我所从低谷走向开展的阶段，由地方少量课题、少量经费开展到有相当一批国家级课题，科研条件和基础设施都有了很大提高，形成一批行业学科的骨干队伍，并正在实行科技骨干到国外著名大学、科研院所深造学习或合作研究，提升我所科研人员创新能力的培养计划。
